1) Как зделать чтобы боты развивались, строили базу и управляли юнитами в одиночных миссиях?
2) Как сделать условием захват сдания?

1) Этот вопрос надо прорабатывать конкретнее. Можно просто отдать управление войсками в руки Brutal AI, но намного сложнее прописать каждую реакцию на действия игрока. Тут уж всё зависит от идеи миссии.
2) Условием для чего? Если просто условием -

Если

Объект "Здание1" принадлежит Игроку, то ...

тут может быть либо какое-то действие, либо активация другого скрипта.

мне нужно чтобы бот был такой-же тупой как в скирмише и строил себе базу в указанном месте и пытался со мной воевать. В свойствах обьектов есть флажок is a base но он не включается. В скриптах тоже куча похожих надписей. Какие выбрать?

Блин, я давно в этом разбирался, там должен быть флажок что-то типа "Allow Brutal AI". (Чтобы не прописывать все действия для бота скриптами ему позволяется играть как Бруталу... Он хоть и будет тупой, но играть должен на уровне )

Посмотри в Player list.